Ấn Quang cũng chính là ngôi chùa cùng chung số phận bị tấn công mạnh mẽ nhất trong “Chiến dịch Nước Lũ” “tổng tấn công chùa chiền” do nhà cầm quyền đương thời đồng loạt nhắm vào cùng với Xá Lợi, Giác Minh, Giác Sanh, Giác Nguyên, Kim Liên…
Trước những dư luận bất lợi ở trong nước cũng như trên trường quốc tế và để xoa dịu tình thế căng thẳng, chính phủ đã thành lập một “Ủy Ban Liên Bộ” để thương nghị với “Ủy Ban Liên Phái Bảo Vệ Phật Giáo” và cấp tốc mở cuộc họp trong các ngày – và luôn cả ban đêm và ngày chủ nhật – 14, 15, 16 tháng 6 năm 1963 tại Hội Trường Diên Hồng, đưa đến kết quả là bản THÔNG CÁO CHUNG ra đời…
Ủy Ban Liên Phái Bảo Vệ Phật Giáo đại diện chính thức cho toàn thể Tăng Ni, Tín Đồ Phật Giáo toàn quốc phát khởi cuộc vận động đòi “bình đẳng và tự do tôn giáo” ra Tuyên Ngôn triệt để ủng hộ 5 nguyện vọng của 5 Cấp Trị Sự Phật Giáo Toàn Quốc; Trung Phần và Thừa Thiên, nguyện cùng với Tổng Hội Phật Giáo Việt Nam tranh thủ cho 5 nguyện vọng đạt kết quả viên mãn…
CÁC SỰ KIỆN GẦN – TRƯỚC NGÀY HÌNH THÀNH UỶ BAN LIÊN PHÁI – Ngày 17.5.1963, tại chùa Ấn Quang – Sài Gòn, Phật Giáo tổ chức một cuộc trưng bày các hình ảnh “biến cố Đài phát thanh Huế” trong đêm Phật Đản PL. 2507 khiến 8 thiếu niên Phật Tử bị thảm sát. – Ngày 20.5.1963, Phật Giáo gửi đến Chính phủ một tài liệu 45 trang trong đó liệt kê những vụ đàn áp, bắt bớ và thủ tiêu Phật Tử trong…